มหาวิทยาลัยนเรศวร เดิมคือวิทยาลัยวิชาการศึกษาพิษณุโลก เป็นวิทยาเขตหนึ่งของวิทยาลัยวิชาการศึกษาประสานมิตร ได้ก่อตั้งขึ้นเมื่อปี พ.ศ.2510 พร้อมกับการจัดตั้งคณะวิทยาศาสตร์และคณิตศาสตร์ เปิดสอนหลักสูตรปริญญาการศึกษาบัณฑิต(กศ.บ.) 5 สาขาวิชาคือ คณิตศาสตร์ ชีววิทยา ฟิสิกส์ เคมีและวิทยาศาสตร์ทั่วไป
พ.ศ. 2517 วิทยาลัยวิชาการศึกษาได้รับการยกฐานะ เป็นมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ดังนั้นวิทยาลัยวิชาการศึกษาพิษณุโลกจึงเปลี่ยนชื่อเป็นมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ พิษณุโลก
ต่อมาได้เปิดหลักสูตรปริญญาวิทยาศาสตรบัณฑิตในสาขาวิชาต่างๆ ดังนี้ สาขาวิชาคณิตศาสตร์ (วท.บ.คณิตศาสตร์) ในปี พ.ศ.2522 สาขาวิชาฟิสิกส์ (วท.บ.ฟิสิกส์) ในปี พ.ศ.2523 สาขาวิชาชีววิทยา (วท.บ. ชีววิทยา) ในปี พ.ศ. 2524 และสาขาวิชาเคมี (วท.บ.เคมี) ในปี พ.ศ. 2530
มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ พิษณุโลก ได้รับการยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยนเรศวรเมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2533 คณะวิทยาศาสตร์จึงได้รับการตั้งตาม พรบ.มหาวิทยาลัยนเรศวร ฉบับ พ.ศ. 2533เป็นต้นมาและได้เปิดหลักสูตรระดับปริญญาตรีปริญญาโทและปริญญาเอกเพิ่มเติมดังต่อไปน
| > พ.ศ. 2537 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิทยาการคอมพิวเตอร์ (วท.บ.วิทยาการคอมพิวเตอร์) และสาขาสถิติ (วท.บ.สถิติ) |
| > พ.ศ. 2540 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาชีววิทยา (วท.ม.ชีววิทยา) |
| > พ.ศ. 2544 เปิดสอนหลักสูตรวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาเทคโนโลยีสารสนเทศ (วท.ม.เทคโนโลยีสารสนเทศ) สาขาวิชาคณิตศาสตร์ (วทม.คณิตศาสตร์) และสาขาวิชาเคมี (วท.ม.เคมี) |
| > พ.ศ. 2545 เปิดสอนหลักสูตรปริญญโท และปริญญาเอก หลายสาขาวิชาดังนี้คือ หลักสูตรวิทยาศาสตรบัณฑิต สาขาวิชาสถิติประยุกต์ (วท.ม. สถิติประยุกต์) สาขาวิชาฟิสิกส์ประยุกต์ (วท.ม. ฟิสิกส์ประยุกต์) สาขาวิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์ (วท.ม.วิทยาการคอมพิวเตอร์) สาขาวิชาวิทยาศาสตร์ชีวภาพ (วท.ม.วิทยาศาสตร์ชีวภาพ) หลักสูตรวิทยาศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาศาสตร์ชีวภาพ (วท.ด. วิทยาศาสตร์ชีวภาพ) สาขาวิชาคณิตศาสตร์ (วท.ด. คณิตศาสตร์) |
| > พ.ศ. 2546 เปิดหลักสูตรวิทยาศาสตร์บัณฑิต สาขาวิชาระบบสารสนเทศ (วท.บ.ระบบสารสนเทศ) และหลักสูตรวิทยาศาสตร์มหาบัณฑิต สาขาวิชาวิทยาศาสตรสนเทศ (วท.ม. วิทยาศาสตร์สนเทศ) |
ปัจจุบันคณะวิทยาศาสตร์ประกอบไปด้วย 5 ภาควิชา คือ ภาควิชาคณิตศาสตร์ ภาควิชาเคมี ภาควิชาชีววิทยา ภาควิชาฟิสิกส์ และภาควิชาวิทยาการคอมพิวเตอร์และเทคโนโลยีสารสนเทศ
ี้
