โรงเรียนนครสวรรค์ปัญญานุกูลตั้งอยู่ที่ 264 หมู่ที่ 8 ตำบลนครสวรรค์ตก อำเภอเมืองนครสวรรค์ จังหวัดนครสวรรค์ เป็นที่ราชพัสดุโดยนายวินัย พัฒนรัฐ อดีตผู้อำนวยการกองการศึกษาพิเศษ เป็นผู้ติดต่อประสานงานขอใช้ที่ดิน ซึ่งเดิมเป็นที่ที่ใช้ในการเรียนการสอนวิชาเกษตรกรรมของโรงเรียนสตรีนครสวรรค์ มีเนื้อที่ 25ไร่ 3 งาน 17 ตารางวา มีเขตติดต่อดังนี้
ทิศเหนือ ติดต่อกับที่ดินสงวนของโรงเรียนสตรีนครสวรรค์
ทิศใต้ ติดต่อกับถนนสันคู - วังไผ่
ทิศตะวันออก ติดต่อถนนพหลโยธิน (ก.ม. 243)
ทิศตะวันตก ติดต่อกับที่ดินเอกชน
โรงเรียนนครสวรรค์ปัญญานุกูลประกาศจัดตั้งตามประกาศของกระทรวงศึกษาธิการเมื่อวันที่
23 เมษายน พ.ศ. 2535 เดิมชื่อโรงเรียนศึกษาพิเศษนครสวรรค์ สังกัดกองการศึกษาพิเศษ กรมสามัญศึกษา ต่อมาเปลี่ยนเป็นกองการศึกษาเพื่อคนพิการและในปัจจุบันสังกัดสำนักบริหารงานการศึกษาพิเศษ สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ เป็นโรงเรียนประเภทประจำ และไป-กลับ สอนเด็กที่มีความบกพร่องทางการได้ยิน และเด็กที่มีความบกพร่องทางสติปัญญา เปิดทำการสอนครั้งแรกเมื่อ
วันที่ 4 สิงหาคม พ.ศ. 2536 รับนักเรียนจำนวน 40 คน ในเบื้องต้นเนื่องจากโรงเรียนยังไม่มีอาคารเรียนได้นำนักเรียนไปฝากเรียนไว้ที่โรงเรียนศึกษาสงเคราะห์ชัยนาท จนกระทั่งเมื่อวันที่ 4 มกราคม พ.ศ. 2537 จึงได้เข้ามาเรียนในโรงเรียนศึกษาพิเศษนครสวรรค์ โรงเรียนมีเขตพื้นที่บริการการศึกษาเฉพาะความพิการ
(บกพร่องทางสติปัญญา) เขตจังหวัดนครสวรรค์ กำแพงเพชร ชัยนาท อุทัยธานี เพชรบูรณ์ และพิจิตร ปัจจุบันได้เปลี่ยนชื่อเป็น โรงเรียนนครสวรรค์ปัญญานุกูล จังหวัดนครสวรรค์ตั้งแต่วันที่ 1 เมษายน 2547